Το κλίμα της Ζακύνθου είναι ιδιαίτερα ήπιο, είναι θαλάσσιο-μεσογειακό και υγρό. Χαρακτηρίζεται από ήπιο βροχερό χειμώνα και δροσερό καλοκαίρι. Η μέση ετήσια θερμοκρασία είναι 18,9% C. O συνολικός αριθμός ημερών βροχής υπολογίζεται σε 115.
Οι επικρατούντες άνεμοι είναι ΒΔ και ΝΔ κατευθύνσεων, περιορισμένης εντάσεως. Άνεμοι υψηλής εντάσεως 6-8 μποφώρ παρατηρούνται σε συχνότητα 3% περίπου.
Δεν παρουσιάζει έντονες θερμοκρασιακές μεταβολές, ούτε σφοδρούς ανέμους. Έχει ιδιαίτερη υγρασία, με μέση ετήσια σχετική υγρασία πάνω από 65% και μεγάλη ηλιοφάνεια που ανέρχεται σε 296 ημέρες.
Ο κύριος επιφανειακός υδροκρίτης είναι η κορυφογραμμή του όρους Βραχίονας . Οι γεωλογικοί σχηματισμοί που δομούν το νησί δεν διαμορφώνουν αξιόλογους υδροφόρους ορίζοντες με συνέπεια την ανεπαρκή - για τις σημερινές ανάγκες - υδροδότηση και άρδευση.
Υποθαλάσσιες πηγές έχουν εντοπισθεί στις βόρειες ακτές του νησιού, μερικές δε από αυτές είναι θειούχες ιαματικές.
Φυσικά, Γεωλογικά και Υδρογεωλογικά Στοιχεία
Η πόλη και 21 από τα 46 χωριά της Ζακύνθου είναι παράκτια.
Οι ορεινές περιοχές (με υψόμετρο άνω των 600 μέτρων) καλύπτουν το 1% της έκτασής της. Οι ημιορεινές περιοχές καλύπτουν το 55% της Ζακύνθου και οι πεδινές το 44%. Η Ζάκυνθος έχει το μεγαλύτερο κάμπο από όλα τα Επτάνησα και πολύ εύφορο.
Το σχήμα του νησιού είναι τριγωνικό, με βόρεια κορυφή το ακρωτήριο Σχοινάρι, νοτιοδυτική το ακρωτήριο Μαραθίας και νοτιοανατολική το ακρωτήριο Γέρακας.
Στο νησί υπάρχουν δύο ορεινοί όγκοι : Το όρος Βραχιώνας με μεγαλύτερο υψόμετρο 758 μέτρα και το όρος Σκοπός με μέγιστο ύψος 492 μέτρα.
Η Ζάκυνθος έχει δύο λίμνες : Τη λίμνη Κερίου έκτασης 2.000 στρεμμάτων, που αποτελεί υδροβιότοπο, και την Λίμνη Μακρή έκτασης 800 στρεμμάτων, επί της αποξηραμένης έκτασης της οποίας βρίσκονται οι εγκαταστάσεις του διεθνούς αεροδρομίου του νησιού.
Η γεωργική γή καλύπτει το 42,2% του εδάφους της (171.500 στρέμματα). Οι φυσικοί βοσκότοποι αποτελούν το 37,3% ( 151.600 στρέμματα) της συνολικής έκτασής της. Οι δασικές εκτάσεις καλύπτουν το 11,2% (45.500 στρέμματα) της έκτασης του νησιού. Οι άγονες και κατοικημένες εκτάσεις ανέρχονται στα 37.400 στρέμματα και αποτελούν το 9,3 των εδαφών της Ζακύνθου.
Η Ζάκυνθος ευρίσκεται σε περιοχή που εμφανίζει τη μεγαλύτερη σεισμική επικινδυνότητα στη Χώρα και έχει υποστεί από τα αρχαία χρόνια μέχρι σήμερα τις καταστροφικές συνέπειες πλήθους σεισμών. Η πιο πρόσφατη μεγάλη καταστροφή ήταν αυτή του 1953, η οποία επέδρασε καθοριστικά στη μετέπειτα κοινωνικοικονομική εξέλιξη του Νησιού.