Στη Ζάκυνθο εντοπίζονται δύο πολύ σημαντικοί Βιότοποι σπανίων θαλασσίων ειδών που προστατεύονται από Διεθνείς Συμβάσεις. Πρόκειται για τον Βιότοπο Αναπαραγωγής της Θαλάσσιας Χελώνας Caretta caretta στον Κόλπο του Λαγανά, για την οποία από το 1999 έχει θεσμοθετηθεί το Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο Ζακύνθου και τον Οικότοπο Διαβίωσης και Αναπαραγωγής της Μεσογειακής Φώκιας Monachus monachus,στις δυτικές και βόρειες απόκρημνες ακτές του νησιού, που έχουν χαρακτηριστεί περιοχές ΝΑΤURA.
Βιότοπος Θαλάσσιας Χελώνας Caretta caretta
Ο Κόλπος του Λαγανά, που βρίσκεται στο νότιο τμήμα της Ζακύνθου -νοτιοανατολικού προσανατολισμού- με ημικυκλικό σχήμα, με άνοιγμα 12 Km , παρουσιάζει υψηλή οικολογική αξία δεδομένου ότι στις παραλίες του από το τέλος της Άνοιξης έως τις αρχές του Φθινοπώρου, ωοτοκούν οι Θαλάσσιες Χελώνες Caretta Caretta, η οποία έχει χαρακτηρισθεί ως κινδυνεύον με εξαφάνιση είδος και προστατεύεται από την Εθνική και Ευρωπαϊκή Νομοθεσία καθώς και από Διεθνείς Συμβάσεις και Συνθήκες.
Η υψηλότερη στην Μεσόγειο πυκνότητα και πλήθος φωλεών της Θαλάσσιας Χελώνας στις παραλίες του Κόλπου του Λαγανά, καθώς και η ύπαρξη στην ίδια περιοχή και άλλων σημαντικών ευαίσθητων ή αισθητικών αξιόλογων οικοσυστημάτων όπως: Αμμοθινικών Οικοσυστημάτων, του Υγροβιότοπου Κεριού, των Νησίδων Μαραθωνησίου και Πελούζου, Χερσαίων Οικοσυστημάτων διαφορετικών τύπων με πολύ σπάνια και ενδιαφέροντα είδη χλωρίδας και ορισμένα ενδημικά φυτά, καθώς και με πλουσιότατη πανίδα των εκτεταμένων υποθαλάσσιων λιβαδιών της Posidonia oceanica καθιστούν τον Βιότοπο του Κόλπου του Λαγανά σε διεθνούς σημασίας Βιότοπο.
Βιότοπος Μεσογειακής Φώκιας
Στο βόρειο και δυτικό τμήμα της Ζακύνθου, στις απότομες ακτές με θαλάσσιες σπηλιές, καθώς και γύρω από το ακρωτήριο Μαραθία υπάρχουν Μεσογειακές Φώκιες.
Ο πληθυσμός της Μεσογειακής Φώκιας Monachus monachus στη Ζάκυνθο είναι ο μεγαλύτερος γνωστός στο Ιόνιο και συγκρίσιμος σε μέγεθος με αυτόν των Σποράδων, στο Αιγαίο.
Υδάτινοι Αποδέκτες – Ακτές
Το Νησί δεν έχει ποτάμια ούτε λίμνες.
Στο μέσον της βορειοανατολικής ακτής υπάρχει παλιά ανενεργή Αλυκή, ενώ στην πεδιάδα και σε μικρές πλαγιές δημιουργούνται παροδικές κατακλύσεις εδαφών από τα νερά της βροχής.
Στη δυτική απόληξη του Κόλπου Λαγανά υπάρχει επίσης βαλτώδης υγρότοπος, η Λίμνη Κεριού.
Σημαντικοί είναι οι χείμαρροι: Αγ. Χαραλάμπους που διασχίζει το νότιο τμήμα της Πόλης, Μπούκας Λαγανά στο νότιο τμήμα του νησιού και Σκούρτη Αλυκών στο Βορειοανατολικό τμήμα του.
Οι σημαντικοί Κόλποι της Ζακύνθου είναι του Λαγανά, των Αλυκών, και του Πλάνου που είναι αμμώδεις απολήξεις της μεγάλης Ζακυνθινής πεδιάδας.
Οι σημαντικότεροι όρμοι είναι του Αγίου Νικολάου Βολιμών και του Πόρτο Βρώμη.
Κοντά στην ακτή ευρίσκονται αρκετές βραχονησίδες υψηλού αισθητικού κάλλους, όπως το Μαραθωνήσι, το Πελούζο, ο Αϊ-Σώστης στον Κόλπο του Λαγανά, ο Αγ. Ιωάννης και Αγ. Ανδρέας στις Β.Δ. ακτές, ο Αγ. Νικόλαος και το Μικρό Νησί, στις Β.Α. ακτές.
Σημαντικά είναι τα θαλάσσια σπήλαια της Ζακύνθου με ιδιαίτερο τουριστικό αλλά και οικολογικό ενδιαφέρον, με πιο ονομαστές τις Γαλάζιες Σπηλιές.